ด่านศุลกากรสะเดารับผิดชอบในเขตพื้นที่อำเภอสะเดา จังหวัดสงขลา จำนวน 6 ตำบล จากทั้งหมด 9 ตำบล ได้แก่ ตำบลสำนักขาม ตำบลสำนักแต้ว ตำบลสะเดา ตำบลปริก ตำบลพังลา ตำบลเขามีเกียรติ (อีก 3 ตำบล ได้แก่ ตำบลปาดังเบซาร์ ตำบลทุ่งหมอ และตำบลท่าโพธิ์ เป็นพื้นที่รับผิดชอบของด่านศุลกากรปาดังเบซาร์)