ปี พ.ศ.2534 ได้มีการเริ่มดำเนินการก่อสร้างอาคารที่ทำการด่านพรมแดนสะเดา จำนวน 2 หลัง สำหรับใช้เป็นอาคารที่ทำการด่านพรมแดนขาเข้าและขาออก จนกระทั่งแล้วเสร็จ และเปิดใช้ด่านพรมแดนสะเดาอย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ 1 มีนาคม 2536 จนถึงปัจจุบัน

ปี พ.ศ.2557 ได้มีการปรับปรุงด่านพรมแดนสะเดา เพื่อรองรับปริมาณการค้าระหว่างประเทศ และจำนวนผู้โดยสารที่เพิ่มขึ้น โดยการปรับปรุงแบ่งออกเป็น 2 ระยะ ได้แก่ การปรับปรุงด่านศุลกากรสะเดา (ด่านพรมแดนสะเดาขาออก) ระยะที่ 1 และ การปรับปรุงด่านศุลกากรสะเดา (ด่านพรมแดนสะเดาขาเข้า) ระยะที่ 2

การปรับปรุงด่านศุลกากรสะเดา (ด่านพรมแดนสะเดาขาออก) ระยะที่ 1 เริ่มดำเนินการก่อสร้างในเดือนมิถุนายน 2557 โดยมีการก่อสร้างอาคารด่านพรมแดนสะเดาขาออก จุดตรวจสอบยานพาหนะและผู้โดยสาร ห้องน้ำสาธารณะ ลานจอดรถ เป็นต้น ก่อสร้างแล้วเสร็จ มิถุนายน 2558 อาคารด่านพรมแดนสะเดาขาออก เปิดใช้งานเมื่อวันที่ 28 ธันวาคม 2558 โดยพลเอก ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี เป็นประธานเปิดอาคาร

การปรับปรุงด่านศุลกากรสะเดา (ด่านพรมแดนสะเดาขาเข้า) ระยะที่ 2 เริ่มดำเนินการก่อสร้างในเดือนเมษายน 2559 โดยมีการก่อสร้างอาคารด่านพรมแดนสะเดาขาเข้า จุดตรวจสอบยานพาหนะและผู้โดยสารพื้นที่ตรวจยานพาหนะขาเข้า ห้องน้ำสาธารณะ ลานจอดรถ เป็นต้น ก่อสร้างแล้วเสร็จ เมษายน 2560